L'abside est la partie la plus ancienne de la construction, elle date du XIVe siècle. La nef est datée du XVe siècle, elle a été remaniée aux XVIIIe, en même temps que le choeur. Les chapelles latérales seraient de cette époque.
Les vitraux du chevet ont été réalisés au XXe siècle par Max Ingrand. L'église Saint-Pierre-des-Fleurs était autrefois appelée Saint-Pierre-des-Cerceuils.